实验protocol展示
今天，给大家介绍的是PrimerBank数据库（网址：https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/index.html）的使用方法，希望能在大家进行引物设计以及qPCR实验过程中提供一定的帮助。
PrimerBank是哈佛大学建立的PCR引物的公共资源。这些引物被设计用于基因表达检测或实时定量PCR（qPCR）。PrimerBank包含超过306800个引物，覆盖了大多数已知的人类和小鼠基因。可以通过以下几种方法可搜索引物：GenBank Accession，NCBI protein accession，NCBI Gene ID，Gene Symbol，PrimerBank ID 或关键字（基因描述）。
该数据库使用的引物设计算法已经通过实时PCR实验进行了广泛的PCR特异性和效率测试。我们通过实时PCR、琼脂糖凝胶电泳和PCR产物测序测试了26855对引物，这些引物对应于27681个小鼠基因。基于琼脂糖凝胶电泳的设计成功率为82.6%（22187对成功引物）。
PrimerBank共有8个分区，分别为：1.首页与检索；2.PCR protocol方案；3.所收录的引物数据；4.评价；5；引物上传与提交；6.其他数据库链接；7.引用方法/政策；8.帮助与常见问题答案。如下图。
PrimerBank功能分区示意图
下面本文将逐个页面进行介绍和讲解。
一、首页与检索
该页面是PrimerBank数据库的主要页面。用户可在该页面搜索所需要查询的目的基因的引物。下面我以人类p53基因为例进行引物搜索。
操作流程：
- 在“Search by”一栏里选择“NCBI Gene Symbol”。若使用其他Gene ID也可，选择相应的栏目即可。
- 在“Species”一栏里选择“Human”。
- 在“For text”输入框中输入想查询的基因名称，这里输入TP53。
- 点击Submit即可（如下图）。
等待网页加载完毕后，就会出现如下页面：
这样就成功检索到了PrimerBank数据库收录的TP53基因的引物。页面靠上部分显示的是TP53基因的基因描述，包括：NCBI GeneID、GeneBank Accession、NCBI Protein Accession、编码DNA长度和基因描述。
Gene Description下面就是数据库收录的TP53基因的引物，共有三对（因页面大小原因未全部显示）。每一对引物均显示了PrimerBank ID、Amplicon Size和前后引物的序列、长度、Tm值和引物所在位置。
二、PCR protocol方案
该页面展示了PrimerBank数据库提供的推荐实时定量PCR（Real-Time PCR）的实验条件与程序，甚至包括反转录和Real-Time PCR体系和常见问题解决方案。
三、所收录的引物数据
该页面展示了PrimerBank数据库所收录的基因及其所配对的引物数量，并展示了小鼠中成功引物（实验证实）的引物数量。
四、评价
用户可在该页面对PrimerBank数据库提出建议与评价，并可将遇到的问题提供给开发者，用户也可留下姓名、机构和E-mail以便开发者联系。
五、引物上传与提交
用户可在该页面上传自己所设计的引物。用户可以输入基因描述、设计的前后引物序列，并留下自己的姓名、机构和E-mail以便开发者联系。一旦该引物经过证实（QCd）则将被收录至PrimerBank数据库中。
六、其他数据库链接
该页面提供了其他几个相关生物信息学项目，和其他引物数据库。用户可以直接点击相关超链接前往相关网页。
七、引用方法/政策
该页面提供了使用该数据库的引用方法与政策。若用户使用了PrimerBank数据库提供的引物序列，则应当在论文中表明PrimerBank ID并引用相关文献。
该页面提供了在使用PrimerBank数据库过程中常见的问题，并给出了相应的解决方案，方便用户使用。
以上便是PrimerBank数据库的使用方法，希望这篇讲解能够在大家设计引物/进行qPCR实验时提供帮助。
希望本次的分享能够帮到大家～
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