042 Gsea图 基因集富集分析

一、代码作用

GSEA (Gene Set Enrichment Analysis，基因集富集分析)是一种重要的生物信息学分析方法，主要用于分析基因表达数据中的基因集变化，评估预定义基因集在特定实验条件下的表现。它能够发现显著改变的生物学通路，识别功能相关的基因组，并揭示潜在的分子机制。GSEA的优势在于考虑整个基因表达谱，无需设置人为阈值，能够发现微小但一致的变化，使结果更具生物学意义。这种分析方法广泛应用于疾病机制研究、药物作用机制探索、生物标志物发现和治疗靶点筛选等领域。分析过程包括准备表达数据、基因排序、计算富集分数、评估统计显著性和结果可视化，最终通过富集分数（ES）、标准化富集分数（NES）、P值和FDR等参数来解读结果。GSEA已成为理解复杂生物学过程的强大工具，特别适合大规模转录组数据的分析研究。

二、具体的代码


remove(list = ls()) ##清空当前环境
# 设置工作目录（请根据需要修改路径）
setwd("F:/生信代码复现/GSEA基因集富集分析")  # 替换为您想保存结果的目录路径

# 检查并安装必要的包
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) {
    install.packages("BiocManager")
}
if (!requireNamespace("GseaVis", quietly = TRUE)) {
    BiocManager::install("GseaVis")
}

# 加载包
library(GseaVis)

# 数据加载
tryCatch({
    test_data <- system.file("extdata", "gseaRes.RDS", package = "GseaVis")
    gseaRes <- readRDS(test_data)
}, error = function(e) {
    stop("数据加载失败: ", e$message)
})

# 定义目标基因
mygene <- c("Entpd8","Htr2a","Nt5e","Actn3","Entpd1",
            "Pfkp", "Tpi1","Igf1","Ddit4","Ak9")

# 定义绘图函数，避免代码重复
create_gsea_plot <- function() {
    gseaNb(object = gseaRes, 
           subPlot = 3, 
           addGene = mygene,
           addPval = TRUE, 
           pvalX = 0.95,
           pvalY = 0.8,
           pCol = 'black',
           pHjust = 1,
           geneSetID = 'GOBP_NUCLEOSIDE_DIPHOSPHATE_METABOLIC_PROCESS',
           rmSegment = TRUE,
           addPoint = TRUE
    )
}

# 保存为PDF格式（矢量图）
pdf("GSEA_plot.pdf", width = 10, height = 8)
create_gsea_plot()
dev.off()

# 保存为PNG格式（位图）
png("GSEA_plot.png", width = 1200, height = 1000, res = 150)
create_gsea_plot()
dev.off()

# 保存为TIFF格式（位图，期刊常用）
tiff("GSEA_plot.tiff", width = 1200, height = 1000, res = 150)
create_gsea_plot()
dev.off()

三、复现出来的图片

GSEA_plot.png